Su nombre árabe, Bab el-Mardum, se debe a que está muy cerca de la puerta de la muralla que llevaba ese nombre cuando, en 1085 Alfonso VI reconquista Toledo.
Un siglo más tarde, la Orden de los Caballeros Hospitalarios de San Juan, la convirtieron en la ermita de la Santa Cruz. El nombre de «El Cristo de la Luz» pertenece a la leyenda. Se dice que el caballo del Cid, que entró triunfalmente en Toledo junto a Alfonso VI tras su reconquista, se arrodilló ante la ermita y no quiso avanzar, en señal de veneración al Cristo, que tras un tabique y alumbrado por una lámpara, había permanecido oculto durante los siglos de la dominación musulmana. Actualmente una piedra blanca embutida en la calzada señala el lugar.
El edificio se erigió, según la inscripción de la fachada en el año 999, exento, elevado, con una gran suntuosidad y bajo los auspicios de la familia de los Ban? I-Had? d?, familia de ulemas o doctores en religión, hombres de ciencia y de gran influencia en la vida política y cultural de la ciudad. No se sabe si era privada, vinculada a la residencia familiar, o estaba destinada al pueblo. También es posible que se utilizada como lugar de enseñanza o como mausoleo.
Es un valioso ejemplo de la arquitectura de Al-Ándalus. Tiene una planta prácticamente cuadrada y de pequeñas dimensiones, apenas 8 metros cuadrados, distribuida en tres naves paralelas cruzadas por otras tres transversales, debido a cuatro columnas reaprovechas, sin basa y con capiteles visigodos de labra tosca en tres de ellas, la cuarta es una restauración del siglo pasado.
Con ellas, el espacio queda dividido en nueve tramos cuadrados y cubiertos por cupulillas distintas entre ellas y que son réplicas fragmentadas o completas de loas bovedillas de la Mezquita de Córdoba.
Los estudios arqueológicos has señalado la existencia de un esquema en T, en el que la nave central y la última de las transversales, previa a la Macsura, son las mejor y más ricamente decoradas, utilizando arcos lobulados, a fin de orientar al fiel hacia el muro de la qibla y, por tanto, a la Meca.
Tiene el ábside mudejar más antiguo de la ciudad, realizado en mampostería encintada con el ladrillo, con decoración a base de arcos de herradura apuntada, lobulados, al estilo de los modelos locales y, de medio punto, separados por frisos de ladrillo en esquina, derivados del románico castellano, yeserías en el interior y vigas talladas en techumbres y aleros. Se adosa al edificio cuando los caballeros la convierten en ermita.
El interior del mismo, está decorado con pinturas románicas que representan, como no podía ser de otra manera, el Pantocrator o Cristo en Majestad rodeado por el Tetramorfos, es decir, los símbolos de los cuatro evangelistas. En sus laterales hay imágenes pintadas de santas. Y, ya cercado al mundo gótico, hay una representación de unos ángeles llevando el alma de un difunto, en forma de niña. Llama la atención la utilización de un solo ábside frente a los tres que aparecen generalmente en Castilla y en otros ejemplos toledanos.
En los jardines de la explanada norte se ha descubierto una calzada romana de losas de granito de cinco metros de ancho y bajo ella, una cloaca. En la misma zona, se ha localizado un cementerio cristiano con numerosos enterramientos de los siglos XII al XVI, cuestión nada extraña, dado que estamos en una zona religiosa. También, bajo el actual ábisde se la localizado otro mayor, que parece perteneció a un edificio monumental de la época romana o visigoda. En su interior se ha hallado una pequeña cueva excavada, tal vez para algún eremita.
Es encantador recrearse en la belleza de sus formas, en el refinamiento exquisito de la traza de sus arquerías y bóvedas, en las sencillas formas de una complicada y múltiple combinación de líneas.