Fue construido por la reina Hatshepsut en forma de terrazas de grandes dimensiones con columnas que se confunden con la ladera de la montaña, situada tras el templo. La obra se debe al arquitecto Senenmut quien consiguió una perfecta armonía de proporciones además de emplear los mejores materiales. El templo está en parte excavado en la roca y en parte construido externamente, basándose en las construcciones previas realizadas por Montuhotep I. Se construyó entre los años séptimo y vigesimoprimero del reinado de la reina y Tutmosis III.
Constaba de una calzada de 36 metros de anchura rodeada de esfinges que conducía desde el templo de acogida hasta el gran patio, al que se accedía a través de dos terrazas escalonadas, construidas en la ladera de la montaña y unidas mediante rampas. Las terrazas se apoyan en muros de carga y están separadas por columnatas o pórticos.
Tras la entrada se accede a la primera terraza, un gran patio rodeado de muros bajos y largos con un doble pórtico de cierre. Está decorado con relieves que representan barcazas construidas para transportar los obeliscos desde Assuán al gran templo de Amón en Karnak y escenas de caza y pesca. En esta primera terraza había dos estanques con forma de T que contenían plantas ornamentales.
Una rampa ascendente con el león que protege el nombre de la reina da acceso al segundo nivel, con un pórtico formado por dos filas de veintidos pilares cuadrados con escenas del nacimiento, educación y coronación de la reina y una expedición comercial por mar
hasta el país de Punt, así como la procesión de regreso al templo de Amón. Estos famosos relieves fueron ya restaurados por Seti I. A la derecha otro pórtico inacabado con columnas y cuatro nichos. En el ángulo entre ambos pórticos se encuentra la capilla de Anubis con un vestíbulo y tres santuarios, decorado con escenas de su padre, Tutmosis I y Hatshepsut haciendo ofrendas a Anubis y Amón. En el extremo izquierdo está la capilla de Hathor excavada en la roca y que se compone de dos salas hipóstilas. Una de las salas consta de columnas hatóricas y la otra de columnas acanaladas. El templo está decorado con escenas de fiestas en honor de Hathor y ofrendas de la reina a los dioses así como decoración del firmamento.
La tercera y última terraza contenía veintidós columnas precedidas de pilares osiríacos, que fueron destruidos por Tutmosis III cuando asumió los plenos poderes tras la muerte de Hatshepsut. En este nivel, en el lado sur, a la izquierda de la terraza, se encuentra la capilla de Tutmosis I y la cámara de ofrendas de la reina, excavada en la roca. En el lado contrario, norte, están las salas dedicadas a Ra-Horajti, un vestíbulo con nicho sobreelevado y un patio interior con ara solar, y las de Amón y Amonet.
La última estancia del templo, el santuario, consta de tres salas con nichos para colocar objetos de culto, la primera de las cuales estaba destinada a albergar la barca sagrada. En ella hay decoraciones de la reina, su hija Neferura y Tutmosis III haciendo ofrendas a Tutmosis I y II y a la reina Ahmes Nefertari. La tercera sala fue excavada por Ptolomeo Evergetes II y está consagrada al culto de funcionarios divinizados como Amenhotep (Hijo de Hapu) e Imhotep. En el lado occidental de la parte trasera de la sala se encontraban una serie de nichos que contenían estatuas de la reina y una entrada en el muro conducía al santuario. Desde el segundo patio se accedía a unas capillas que estaban dedicadas a Anubis y Hathor.